Bei PIE werden gepulste Anregungsquellen verwendet, wodurch die Information zugänglich ist, welche von ihnen für die Emission eines detektierten Photons verantwortlich war. Diese experimentell leicht zu installierende Technik bietet zahlreiche Vorteile, vor allem bei Untersuchungen an mehrfarbig markierten Molekülkomplexen. Beispielsweise besteht mit PIE die Möglichkeit, das spektrale Übersprechen in abbildenden Techniken (z. B. Laser Scanning- oder Weitfeld- Mikroskopie) oder bei der Fluoreszenz-Korrelations-Spektroskopie zu eliminieren. Ferner können fehlerfreie Förster-Resonanz-Energie-Transfer-Messungen (FRET) durchgeführt sowie die Stöchiometrie von Molekülkomplexen in Einzelmolekül-Experimenten bestimmt werden.